疟疾的治疗包括阻止疾病的急性发作、防止复发和配子携带以及恢复受损的身体功能。
抗疟药物根据其对疟原虫发育特定阶段的作用，可分为以下几类：血液分裂症药物，对疟原虫的无性红细胞阶段有效；组织分裂症药物，对疟原虫的无性组织阶段有效；配子体药物，导致患者血液中的配子体死亡或破坏配子体的成熟和蚊子体内子孢子的形成。
病因治疗
对疟疾患者进行临床和流行病学诊断并抽血进行寄生虫学检查后，应立即进行疟疾病因治疗。
目前使用的药物分为六类：4-氨基喹啉类（氯喹 - 德拉基、磷酸氯喹、尼伐喹）、喹啉甲醇类（奎宁 - 奎宁二盐酸盐、硫酸奎宁、奎尼玛、甲氟喹）、菲甲醇类（哈凡、卤泛群）、青蒿素衍生物（青蒿琥酯、蒿甲醚、蒿甲醚）、抗代谢物（氯胍）、8-氨基喹啉类（伯氨喹、他非诺喹）。此外，还使用复方抗疟药：沙伐林（氯喹 + 氯胍）、马拉隆（阿托伐醌 + 氯胍）、复方蒿甲醚或利美特（蒿甲醚 + 卢米凡群）。
如果在患者体内检测到间日疟原虫、卵形疟原虫或三日疟原虫，则使用 4-氨基喹啉类药物，最常用的是氯喹（德拉吉）。疟疾的治疗方法如下：前两天每日服用 10 mg/kg 碱（一次四片德拉吉），第三天每日服用 5 mg/kg（两片德拉吉）。有关于缅甸、印度尼西亚、巴布亚新几内亚和瓦努阿图间日疟原虫菌株对氯喹产生耐药性的个别报道。在这种情况下，应根据无并发症疟疾的治疗方案使用甲氟喹或奎宁进行治疗。发作在 24-48 小时后停止，开始服用氯喹后 48-72 小时寄生虫会从血液中消失。
为了根治间日疟原虫或卵形疟原虫引起的疟疾（预防远期复发），在氯喹疗程结束后，可使用组织裂殖体杀灭剂伯氨喹。该药物以每日0.25毫克/千克（基础剂量）的剂量服用14天。对伯氨喹具有耐药性的间日疟原虫菌株（即所谓的Chesson型菌株）存在于太平洋岛屿和东南亚国家。在这些情况下，推荐的治疗方案之一是以每日0.25毫克/千克的剂量服用伯氨喹，持续21天。
若轻症无免疫力者血液中检测出恶性疟原虫，根据世卫组织建议，首选药物为甲氟喹和青蒿素衍生物（蒿甲醚、青蒿琥酯、蒿甲醚）；也可使用卤泛群。若无法使用甲氟喹和卤泛群和/或存在使用这些药物的禁忌症，则可联合使用奎宁和抗生素（四环素、强力霉素）。四环素的服用剂量为0.5克，每日两次，连用7-10天；可用强力霉素代替，每日0.1克，疗程为7-10天。在恶性疟原虫对甲氟喹和奎宁产生耐药性的地区，建议联合使用甲氟喹和青蒿素制剂（蒿甲醚、蒿甲醚）治疗无并发症的热带疟疾。凡西达与青蒿琥酯合用可有效治疗单纯性热带疟疾。青蒿素制剂在东南亚、南美洲和非洲的一些国家广泛用于治疗耐多药热带疟疾。它们对血液阶段和配子体均起效迅速。然而，这些药物在体内清除很快，导致疟疾复发。更合适的处方是与甲氟喹合用，剂量如下：
青蒿琥酯：4 mg/kg，每日两次，共三天；甲氟喹：15 mg/kg，第 2 天一次，或 25 mg/kg，第 2 天和第 3 天分两次服用；
蒿甲醚：3.2 mg/kg，每日一次，共3天；甲氟喹：15 mg/kg，第2天一次，或25 mg/kg，第2天和第3天分两次服用。
无并发症疟疾的治疗方案
应用方案
准备
首次剂量，mg/kg
后续剂量，mg/kg（间隔，h）
课程时长，天数
氯喹
10（理由）
10-1-2天 5-3天
3
凡西达（磺胺多辛+乙胺嘧啶）
2.50-1.25
-
1
奎宁、Kinimax、Kinoform
10（理由）
7.5（8）
7-10
甲氟喹
15（场地）
-
1
卤泛群
8（盐）
8（6）
1
青蒿琥酯
4
2（12）
7
蒿甲醚
3.2
1.6（24）
7.0
奎宁-四环素
10.0-1.5
10.0（8）+5.0（6）
10.0+7.0
复方蒿甲醚（蒿甲醚+卢米凡特林）
1.3+8 0
1.3-8.0 (8)
3.0
如果病原体类型不确定，建议按照热带疟疾治疗方案进行治疗。如果患者在服用处方抗疟药后30分钟内出现呕吐，则应再次服用相同剂量。如果在服药后30-60分钟内出现呕吐，则应加服一半剂量的抗疟药。
重症热带疟疾患者应入住重症监护病房或复苏科。奎宁仍然是治疗重症热带疟疾的首选药物。治疗复杂类型（脑型疟疾、冷疟）时，首剂（7 mg/kg）奎宁碱需静脉注射，给药时间需超过30分钟。之后，再以10 mg/kg的剂量静脉滴注，给药时间需超过4小时。因此，患者在开始治疗后的前4.5小时内接受17 mg/kg的奎宁碱。另一种方案是，首剂20 mg/kg的奎宁碱需在4小时内给药。患者对这两种方案的耐受性均令人满意，且无心血管或其他疾病。维持剂量为10 mg/kg的奎宁碱需每8小时给药一次，给药持续时间为1.5-2小时。建议将奎宁与四环素（每日四次，每次250毫克，连用7天）或强力霉素（每日0.1克，连用7-10天）联合使用。对于儿童，建议将负荷剂量（15毫克/千克）的奎宁碱滴注于5%葡萄糖溶液中，静脉滴注4小时。维持剂量（10毫克/千克）则每隔12小时注射一次，持续2小时。肌肉注射的剂量相同，但建议将奎宁用蒸馏水稀释五倍，分两次注射于不同的臀部。
蒿甲醚作为治疗复杂性热带疟疾的替代药物，治疗第一天每日剂量为3.2毫克/公斤，随后六天以1.6毫克/公斤的剂量肌肉注射，与一剂甲氟喹联合使用。
重症及复杂疟疾患者应接受强化致病治疗。补液时应警惕肺水肿和脑水肿，但低血容量同样危险。如果补液失败，此类患者可能出现组织灌注不足、酸中毒、低血压、休克和肾衰竭。贫血通常不会危及生命，但如果血细胞比容降至15-20%，则应输注红细胞或全血。弥漫性血管内凝血（DIC）综合征患者应输注新鲜全血或凝血因子和血小板浓缩物。如果出现低血糖，应静脉注射40%葡萄糖溶液。
脑水肿的治疗基础是解毒、脱水、控制脑缺氧和呼吸系统疾病（氧疗、人工呼吸）。抗惊厥药物应按指征使用。脑型疟疾的治疗经验已证明，使用渗透性利尿剂无效，甚至存在危险：低分子量右旋糖酐、肾上腺素、前列环素、己酮可可碱、环孢菌素、高免疫血清。高压氧疗法也不推荐使用。
急性肾衰竭或急性肾肝衰竭患者，奎宁的日剂量应减至10毫克/千克（因可能出现药物蓄积），并以每分钟20滴的速度滴注。急性肾衰竭初期，应进行强制利尿，若无效且氮质血症加重，则可进行血液透析或腹膜透析，通常可取得良好效果。血红蛋白尿性发热患者，应停用引起溶血的药物。必要时，可改用其他抗疟药物，并同时给予糖皮质激素（泼尼松龙1-2毫克/千克）和解毒疗法。
如果发生脾破裂（通常发生在器官快速且显著肿大的情况下），则需要紧急手术干预。
治疗热带疟疾复发时，可选择一种以前未使用过的药物，或使用以前的药物，但需与其他抗疟药物联合使用。在常规治疗剂量下，使用伯氨喹1-3天即可消除配子携带者。
疟疾治疗的有效性通过检测1 μl含有寄生虫血症计数的浓血滴来监测。这些检测在开始针对病因的治疗后第1天至第7天每天进行。如果在此期间寄生虫消失，则在治疗开始后的第14天、第21天和第28天进一步检测血液制剂。
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有效性评估
疟疾患者对病因治疗的有效性通过三个参数来评估：早期失败（EF）、晚期失败（LF）和有效治疗。
服用抗疟药后，患者可能会呕吐（尤其是儿童）。需要注意的是，如果服药后30分钟内出现呕吐，应再次服用相同剂量；30-60分钟后，应服用原剂量的一半。
疟疾治疗效果评估（WHO，1996）
早期失败（EF）
在开始特定治疗后的前 3 天内，疟疾临床症状恶化或持续存在，并伴有寄生虫血症
晚期失败（LF）
开始特定治疗后第 4 至 14 天，在存在寄生虫血症的情况下，重新出现疟疾特征性临床症状（包括发展为严重疾病）
治疗效果
在没有 RN 和 PN 标准的情况下，开始特定治疗后 14 天未出现寄生虫血症
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疟疾的根治
疟疾根治术与阻滞治疗同时进行，或阻滞治疗后立即进行。
为了预防间日疟和卵形疟的红细胞外复发，为了作用于促疟原虫，医生开出了伯氨喹，剂量为每日45毫克（27毫克基质）（3片），疗程为14天，或每周1次，每次6片，疗程为6-8周（用于治疗葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症）。他非诺喹是伯氨喹的类似物，目前正在进行临床试验，但其临床疗效更高，副作用发生率更低。
为了预防恶性疟疾的传播（通过影响配子体），伯氨喹的剂量为每日45毫克（27毫克基质）（3片），连用3天。该疗法在热带疟疾流行地区进行。使用凡西达治疗恶性疟疾患者时，由于凡西达中的乙胺嘧啶对恶性疟原虫配子体有效，因此不建议使用伯氨喹。
重症和/或并发症恶性疟疾的治疗在重症监护病房进行。如果无法口服药物，则可使用以下药物之一进行肠外给药：
盐酸奎宁——10-20毫克/千克（每日最多2.0克）加入500毫升5%葡萄糖溶液中静脉注射，缓慢给药，每日2-3次，直至患者病情严重恢复，然后根据无并发症恶性疟疾的治疗方案服用其中一种口服药物；
在现代条件下，一些国家使用新的草药制剂来治疗严重形式的恶性疟疾（这些制剂在俄罗斯未获得认证）：蒿甲醚（Artenam）-第一天肌肉注射160毫克，然后6天注射80毫克；青蒿琥酯-肌肉注射（静脉注射）50毫克，每天2次，共7天；青蒿素-肌肉注射1200毫克，共7天。
疟疾的病因治疗取决于疟疾的严重程度和并发症的进展。治疗包括解毒疗法、纠正代谢性酸中毒、低血糖、利尿剂、抗组胺药、糖皮质激素（如有指征）、维生素、心血管药物和其他药物。如无尿，可进行腹膜透析。血红蛋白尿性发热的治疗首先应停用引起溶血的药物，并进行红细胞输注。
恢复期患者完成全程抗寄生虫治疗（停止治疗）后，若2-3次血液检查（浓滴）结果为阴性，即可出院。间日疟和卵形疟患者可在门诊接受伯氨喹后续疗程治疗。疟疾患者需监测1-1.5个月，每7-10天进行一次浓滴血寄生虫学检测。间日疟、卵形疟和三日疟患者需监测两年，体温升高时必须进行浓滴血寄生虫学检测。